De 1893 à 1961, une entreprise familiale pendant 70 ans

En 1893, nouvelle étape décisive, Raymond Silvy achète, puis transforme l'église et les bâtiments conventuels en magasin de « métallurgie générale ». Leur plus grande activité était la vente de machines agricoles. Sur le modèle des grands magasins parisiens ou marseillais, il aménage un vaste commerce d'outillage qui restera en activité jusqu'à la moitié du XXème siècle.

En effet, les Etablissements Silvy étaient réputés jusqu'à Paris. En plus de leur succursale à Aix-en-Provence (10 cours Sextius), ils avaient installé cinquante-quatre dépôts dans les principaux centres agricoles. Ainsi, ils pouvaient livrer immédiatement aux agriculteurs les pièces dont ils avaient besoin.
C'est à cette même époque que le collatéral Est ainsi que la chapelle des pénitents blancs ont été détruits lors d'un réalignement du bâtiment sur la rue Silvy, l'église est alors amputée du tiers de son architecture originelle.
En 1901, Raymond Silvy laisse à ses trois fils la charge de l'entreprise. Ceux-ci effectuent des transformations importantes : ajout d'un étage, destruction de la sacristie et de la chapelle rayonnante qui se trouvaient derrière le chœur. (actuel Accueil de la médiathèque)